Аспирационная пневмония часто бывает вызвана облигатными анаэробами или их сочетанием с аэробной грамотрицательной микрофлорой, обитающей в ротовой полости и глотке (около 50% здоровых взрослых людей аспирируют секрет ротоглотки в нижние дыхательные пути во время сна). Пневмония, вызванная анаэробами, особенно часто встречается при аспирации большого объёма рвотных масс или при содержании в них вирулентной анаэробной микрофлоры (аспирация пищи или некротических масс). Нарушение кашлевого рефлекса также увеличивает риск пневмонии, равно как нарушение мукоцилиарного клиренса и дисфункция альвеолярных макрофагов. Источником анаэробных возбудителей пневмонии (Porphyromonas gingivalis, Prevotella melaninogenica, Fusobacterium nucleatum, виды Actinomyces, спирохеты и анаэробные стрептококки) считают щели между зубами и дёснами и зубной налёт.