Пневмония у лиц с иммунодефицитом может быть вызвана цитомегаловирусом, Pneumocystis carinii, патогенными грибами, атипичными микобактериями, а также другими микроорганизмами. ВИЧ-ассоциированные пневмонии бывают обусловлены Pneumocystis carinii, Mycobacterium tuberculosis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae. He следует забывать, что одним из основных лёгочных маркёров СПИДа является микобактерия туберкулёза.