Дозы коммерческих эубиотиков основываются на количестве живых организмов. Потребление от 1 до 10 млн жизнеспособных клеток Lactobacillus acidophilus и Bifidum-bakterium bifidum ежедневно является оптимальной дозой для большинства людей. Большие дозы могут вызывать незначительные диспептические расстройства.
Суточная доза эубиотиков, применяемых в качестве биологически активных добавок к пище, не должна превышать разовую терапевтическую дозу аналогичного лекарственного препарата, содержащего тот же самый штамм микроорганизма.
Чтобы эубиотики могли колонизировать в кишечнике, для них должны быть созданы благоприятные условия. Питательной средой для сапрофитных бактерий являются фруктоолигосахариды.