Сегодня предложены следующие методы диагностики дисбактериоза кишечника:
бактериологический анализ (определение состава фекальной микрофлоры, отражающей микробный состав лишь удаленных отделов кишечника - наиболее доступный метод, однако недостаточно точный);
биохимический экспресс-метод;
высоковольтный электрофорез на бумаге по обнаружению различных веществ (белков, жиров, углеводов, кислот на их основе и др.) в каловых массах;
газожидкостная хроматография (обнаружение в фекалиях летучих жирных кислот - уксусной, валериановой, капроновой, изомасляной и др.);
исследования микрофлоры в образцах микрофлоры тощей кишки, полученных в ходе эндоскопического исследования, - наиболее точный метод, однако в силу технических сложностей не может быть повседневным.
С сожалением приходится констатировать слабость позиций традиционных клинических представлений о микрофлоре кишечника. И, прежде всего, из-за неполной информации о микрофлоре кишечника: из всех видов микробов, населяющих кишечник, анализируется всего 10-15 микробов фекалий; не учитывается мукозная и тонкокишечная микробная флора; возникают трудности в трактовке результатов из-за широких колебаний и быстрой изменчивости состава микрофлоры толстой кишки.