Пиелонефрит - инфекционное заболевание. Наиболее частые возбудители внебольничных (амбулаторных) инфекций мочевых путей - грамотрицательные бактерии, прежде всего кишечная палочка (до 80-90%), затем клебсиелла, протей, энтеробактер; реже грамположительные - стафилококк (до 3%). При внутрибольничной инфекции возрастает роль грамположительной флоры и синегнойной палочки. Примерно у 20% пациентов наблюдаются микробные ассоциации. В течение болезни возможны смена возбудителей, развитие полирезистентных форм, особенно при бесконтрольном приеме антибиотиков.